佳能40D的套头用了不到2个月，偶然碰到镜头里有水气，难道佳能的质量会这样？还是使用不当？

不是质量问题，应该是楼主保养的不够得当。
看楼主注册地址是上海。
上海是沿海地区567月是梅雨季节。空气湿度大。
建议有条件的话，买一个防潮干燥箱。把相机放在里边。
不然天热起来相机恐怕会发霉。

还有一个土办法，就是在相机包内放除湿剂。
一般可以将一些膨化食品或海苔类食品中都有除湿剂收集起来。
也可以买超市里卖的家用的那种小包除湿剂。
除湿剂要定期更换，发现不是颗粒装必须马上更换。
避免放在潮湿的地方。
通风干燥的单反最好。

谢谢！

不是听说镜头里应该冲惰性气体吗？

这个我到是没有听说过。
具我所知的镜头内部并不是真空的也没有什么气体。
因为镜头内部的镜片组是要通过前后移动来调节光轴的。
特别是变焦镜头有的时候镜筒会伸出来。如果是密封的那它就不能那样了。道理和拔针筒一样。用了几年的镜头都要做内部清扫的。
所以才有很多专门存放相机的设备。