学无止境啊

错啦！装上外接闪光灯后，机身上的辅助对焦灯就不起作用了，对焦测距的工作交由闪光灯（比如sb900）进行测距（我使用的sb600是红外测距，可不是照亮，没用过sb900，不能乱说，但估计原理应该一样）后，将数据传给机身，机身据此完成对焦工作，依据这个原理，楼主的sb900可能是闪光灯测距这一块出现了误差，或者sb900有bug。

关闭SB900的对焦辅助功能后,如果机身上的对焦辅助功能是打开的，则机身上的小手电会负责对焦辅助功能（中心点对焦，af-s模式有效）。可以翻看SB900的说明书 D-59页下方！

还有可能就是对焦辅助灯设计的不科学。
SB900的对焦辅助灯往暗处打，以竖向来看，在取景器里按照亮度可以分成3种亮度的5个部分。
如果拍摄近距离的物体，中心点看到的是辅助灯的从下往上数的第二部分，如果拍摄中距离的物体则中心对焦点对应对焦辅助红光的第三部分。

由此可见 SB900 的对焦辅助灯其实是向前下方打的，而不是与镜头水平位置。而机身的对焦辅助小手电是与镜头在水平方向，所以我推测机身对焦辅助功能更可靠！

另外 SB900 安装在机身上是有活动的余地的，可以轻微的左右移动（我的D40，D700都有活动余地，另外一套宾得的系统配外闪也有活动的空间），可能也是造成对焦辅助跑焦的原因之一，但不是主要原因。